1、周期性直腸刺激癥狀：進行性加劇的周期性直腸刺激癥狀罕見于其他婦科疾病，是診斷本癥最有價值的癥侯。直腸、肛門、外陰部墜脹、墜痛、里急后重感和大便次數(shù)增多。當病變逐漸加重時，癥狀日趨明顯，而經(jīng)后癥狀消失。

2、月經(jīng)不調(diào)：內(nèi)異癥患者常有月經(jīng)周期縮短、經(jīng)量增多或經(jīng)期延長等現(xiàn)象，說明患者有卵巢功能障礙表現(xiàn)。月經(jīng)不調(diào)可作診斷參考，但在鑒別診斷中并無價值。

3、性交痛：當存在于陰道穹窿部異位子宮內(nèi)膜結(jié)節(jié)、直腸凹陷結(jié)節(jié)或粘連，或卵巢粘連在盆底時，均可產(chǎn)生性交痛。闊韌帶后葉病灶纖維化增生及收縮明顯時，可以外源性壓迫輸尿管，使其狹窄阻塞，亦可能出現(xiàn)泌尿系統(tǒng)癥狀，嚴重的可發(fā)生輸尿管積水或腎盂積水。

4、周期性膀胱刺激癥狀：當內(nèi)異癥病變累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌層時，會同時出現(xiàn)經(jīng)期尿急、尿頻等癥狀。若病變侵犯膀胱粘膜（膀胱子宮內(nèi)膜異位癥）則有周期性血尿和疼痛。

5、不孕：約有50%左右內(nèi)異癥患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，約30-40%患內(nèi)異癥。內(nèi)異癥患有不孕，常因病變造成盆腔腫塊、粘連、輸卵管堵塞卵泡發(fā)育不好或排卵障礙等因素引起；而一旦懷孕則異位內(nèi)膜受到抑制而萎縮，對內(nèi)異癥起到很好的治療，習(xí)慣性流產(chǎn)病例中有部分為子宮內(nèi)膜異位癥所致。