1、HBsAg陰性仍有乙肝病毒感染：乙肝病毒變異后所表達(dá)的HBsAg不能被現(xiàn)在廣泛使用的一些試劑所測出，致使乙肝病毒仍然存在，但HBsAg出現(xiàn)陰性的情況，此時應(yīng)結(jié)合HBeAg檢查和乙肝病毒的基因檢查技術(shù)，方可得出正確的結(jié)論。

2、疫苗免疫預(yù)防失?。菏褂靡岸局闔BsAg制備的血源性或基因工程乙肝疫苗所產(chǎn)生的抗-HBs對一些變異株的HBsAg的親和力和中和作用明顯下降，從而可致使乙肝疫苗阻斷母嬰傳播和乙肝免疫球蛋白HBIG預(yù)防移植肝再感染乙肝病毒失敗。

3、致病性的改變：S基因變異株在乙肝病毒無癥狀攜帶者、急性肝炎、重癥肝炎、肝硬化和肝癌患者體內(nèi)均有發(fā)現(xiàn)，使病變程度加重，范圍增加。

4、HBsAg亞型的改變：由于核苷酸序列發(fā)生變異，會引起HBsAg亞型的改變，使病情復(fù)雜化。

5、前C區(qū)突變的病毒有可能引起暴發(fā)性肝炎或慢性肝炎的惡化或肝移植失敗。

6、乙肝病毒變異中的X基因突變有可能與肝癌的發(fā)生有關(guān)。