乙肝病毒感染肝細胞后，病毒dna進入細胞核并激發(fā)新的傳染性病毒顆粒產(chǎn)生，這些病毒顆粒會被釋放到血液中。同時在肝細胞制造出來大量的病毒蛋白質(zhì)，這些蛋白質(zhì)不是被釋放到血中就是在肝臟中用于合成病毒顆粒。

乙肝病毒有一套獨特的復制方式。乙肝病毒和反轉(zhuǎn)錄病毒（如人類免疫缺陷病毒）相似，在循環(huán)往復的病毒不斷復制中將rna反轉(zhuǎn)錄成dna是很重要的一個步驟。

但乙肝病毒又不同于反轉(zhuǎn)錄病毒，乙肝病毒dna在復制過程是要進入宿主細胞的dna的。而且乙肝病毒通常不直接破壞肝細胞，而是在被感染的細胞表面表現(xiàn)出特異性抗原物質(zhì)，肝細胞表現(xiàn)的抗原物質(zhì)再引發(fā)免疫反應(yīng)而造成肝炎。

被感染的肝細胞成了免疫細胞（主要是細胞毒性t淋巴細胞）攻擊和破壞的目標。由于不斷有病毒復制，所以機體不斷進行病毒清除，也就出現(xiàn)了持續(xù)的肝細胞損壞，最后取代受損害肝細胞的不是健康的新細胞而是纖維組織，這種纖維化過程將導致肝硬化，肝功能顯著降低，甚至最后還會出現(xiàn)致命的肝臟疾病。