1、膽道系統(tǒng)

此為我國患者目前最重要的感染途徑。在有膽道阻塞和繼發(fā)感染的病例，如膽總管結石、膽道蛔蟲或華支睪吸蟲病等并發(fā)急性化膿性膽總管炎者，細菌可沿膽道上行，感染肝臟而形成肝囊腫。

2、門靜脈系統(tǒng)

腹腔感染（如壞疽性闌尾炎、化膿性盆腔炎等）、腸道感染（如潰瘍性腸炎、菌痢等）、痔核感染等可引起門靜脈屬支的血栓性靜脈炎，其膿毒性的栓子脫落后可沿門靜脈系統(tǒng)進入肝臟，引起肝囊腫。由于抗生素的廣泛應用，此途徑的感染已少見。

3、淋巴系統(tǒng)

肝臟的鄰接部位如有化膿性病灶如膽囊炎、膈下膿腫及胃、十二指腸穿孔等，細菌可經(jīng)淋巴系統(tǒng)侵入肝臟。

4、血液感染

體內(nèi)任何部位的化膿性感染，如上呼吸道感染、急性骨髓炎、亞急性心內(nèi)膜炎、癤和癰等并發(fā)菌血癥時，病原菌可由肝動脈入肝。

5、直接侵入

當肝臟有開放性損傷時，細菌可經(jīng)由創(chuàng)口直接侵入。有時肝臟的閉合性損傷形成肝臟的被膜下血腫后，肝臟內(nèi)原有的細菌可使血腫轉化為膿腫。

6、其他原因不明的方式

不少肝囊腫并無明顯原因，如隱匿性肝囊腫?？赡荏w內(nèi)存在某種感染性病灶，當機體抵抗力減弱時，偶然的菌血癥引起了肝臟的炎癥和膿腫。有報道指出，隱匿性肝囊腫中25%伴有糖尿病。