HCV進入體內(nèi)之后，引起病毒血癥。血漿中HCV濃度約為100—100000000/ml。病毒血癥間斷地出現(xiàn)于整個病程。在第一周即可從血液或肝組織中用PCR法檢出HCV RNA。第2周開始，可檢出抗HCV。少部分病例感染3個月后才檢測到抗HCV。由于缺乏適當?shù)募毎囵B(yǎng)體系，HCV致病機制方面的研究受到一定限制。目前研究認為HCV致肝細胞損傷有下列因素的參與，其中免疫應(yīng)答起著更重要的作用。

　　1、HCV直接殺傷作用：HCV在肝細胞內(nèi)復(fù)制干擾細胞內(nèi)大分子的合成，增加溶酶體膜的通透性而引起細胞病變；另外，HCV表達產(chǎn)物(蛋白)對肝細胞有毒性作用，在體外表達HCV某些蛋白(如包膜蛋白)時，發(fā)現(xiàn)它們對宿主菌或細胞有毒性作用。

　　2、宿主免疫因素已證實肝組織內(nèi)存在HCV特異細胞毒性淋巴細胞(CD8+T細胞)，可攻擊HCV感染的肝細胞。另外，CD4+Th細胞被致敏后分泌的細胞因子，在協(xié)助清除HCV的同時，也導(dǎo)致了免疫損傷。

　　3、自身免疫，HCV感染者常伴有自身免疫改變，如膽管病理損傷與自身免疫性肝炎相似;常合并自身免疫性疾病，血清中可檢出多種自身抗體，如抗核抗體、抗平滑肌抗體、抗單鏈DNA抗體、抗線粒體抗體等，均提示自身免疫機制的參與。

　　4、細胞凋亡：正常人肝組織內(nèi)無Fas分子的表達HCV感染肝細胞內(nèi)有較大量的Fas表達，同時，HCV可激活CTLFasL五，F(xiàn)as和FasL是誘導(dǎo)細胞凋滅亡的膜蛋白分子，二者結(jié)合導(dǎo)致細胞凋亡。

　　HCV感染后易慢性化，超過50%的HCV感染者轉(zhuǎn)為慢性化的可能原因主要有：

　　1、HCV的高度變異性。HCV在復(fù)制過程中由于所依賴之RNA的RNA聚合酶缺乏校正功能，在HCV RNA的復(fù)制過程中容易出現(xiàn)錯誤；同時由于機體免疫壓力使HCV不斷發(fā)生變異，甚至在同一個體出現(xiàn)變種毒株，病毒即以此來逃避宿主機體的免疫監(jiān)視，導(dǎo)致慢性化；

　　2、HCV對肝外細胞的泛嗜性。特別是存在于外周血單核細胞(PBMC)中的HCV，成為反復(fù)感染肝細胞的來源；

　　3、HCV在血液中滴度低，免疫原性弱，機體對其免疫應(yīng)答水平低下，甚至產(chǎn)生免疫耐受，造成病毒持續(xù)感染。

　　HCV與HCC的關(guān)系也很密切。但HCV與HBV不同，它不經(jīng)過與肝細胞染色體整合的過程。從HCV感染到HCC的發(fā)生通常要通過慢性肝炎和肝硬化的階段?，F(xiàn)在認為，慢性炎癥導(dǎo)致肝細胞不斷的破壞和再生是HCC發(fā)生的重要因素。