肛瘺形成初期是以膿腫、炎癥為主，炎癥消退，瘺道逐漸形成，局部癥狀逐漸減輕。但復雜性肛瘺或有急性感染時，局部有明顯的炎癥反應，并伴有全身癥狀。

　　1.流膿 是肛瘺的主要癥狀，膿液多少與瘺管長短和多少有關，新生成的瘺管，炎癥反應大，流膿較多，膿液粘稠、黃色、有臭味；時間長久的排膿較少，或時有時無，膿液白色，稀淡如水；如忽然膿液增多，表示有新管生成。有時瘺口暫時封閉，不排膿液，可出現(xiàn)局部腫痛或體溫上升，封閉的瘺口又排膿。有的外口可排氣體和糞便。內瘺常有膿血由肛門排出，由于膿性分泌物不斷反復流出，患者常感到肛門處濕潤、內褲不凈，給生活帶來很大麻煩。與其他器官相通的瘺管有特殊癥狀。

　　2.疼痛 瘺管通暢無炎癥時常不感疼痛，只感覺局部發(fā)脹和不適，行走時加重。當瘺管感染或膿液排出不暢而腫脹發(fā)炎時，可引起疼痛。內瘺時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。

　　3.瘙癢 由于膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮濕不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成濕疹。

　　4.排便不暢 復雜性肛瘺口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環(huán)狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。

　　5.全身癥狀 在急性炎癥期和復雜性肛瘺反復發(fā)作時，可出現(xiàn)不同程度的發(fā)熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗癥狀。