結締組織性腸炎的病因是多因素的，其發(fā)病與免疫失調有關。

1、硬皮病患者多有有小腸受累，小腸病理變化有平滑肌萎縮，粘膜下層、肌層和漿膜層斑片狀膠原纖維沉積，粘膜固有膜有慢性炎細胞浸潤。

2、皮肌炎時小腸有不同程度的擴張及分節(jié)變化、伴低動力和通過時間延長。肉眼可見腸壁水腫、增厚。鏡檢示多處粘膜糜爛、粘膜下層水腫、肌層萎縮和纖維化伴淋巴及漿細胞浸潤。腸管粘膜下層至漿膜層小動脈、小靜脈內膜增厚易有血栓形成及管腔閉塞。

3、系統(tǒng)性紅斑狼瘡的腸道損害主要是血管炎的結果，表現(xiàn)為纖維蛋白樣變性、血栓形成、出血和缺血，主要侵犯腸道粘道下層、肌層和腸系膜小動脈、小靜脈。

4、結節(jié)性多動脈炎可累及腸道的任何部位，但主要侵犯腸系膜中、小動脈及粘膜下層和肌層小動脈，其次為小靜脈。損害呈節(jié)段性分布，管壁各層均被累及。組織學特點為纖維蛋白樣變性、壞死及血栓形成，伴有炎性細胞浸潤。

5、類風濕性關節(jié)炎也可并發(fā)小腸吸收不良、脂肪瀉和選擇性乳糖耐受不良。吸收不良是因并發(fā)小腸淀粉樣變性所致，還可伴胃腸道蛋白質丟失。