腭裂發(fā)生的原因尚不完全清楚，腭裂作為一種先天性發(fā)育缺陷，隨著生長發(fā)育，畸形也隨著年齡發(fā)生變化，包括畸形本身存在的生理發(fā)育缺陷、外科手術創(chuàng)傷造成的頜面外形繼發(fā)改變，語言、聽力等功能障礙，以及患者在社會交往中形成的心理障礙。

腭裂由多種因素所致。一般可分為遺傳因素與環(huán)境因素。詳見“唇裂”。主要是由妊娠中服用藥物、母體的疾病、機械性外因、營養(yǎng)障礙、精神影響等所導致。

腭裂是由于胎兒在第10周時兩側腭突及鼻中隔未能相互融合所致。至于未能融合的因素，目前原因尚未明了，可能與營養(yǎng)、遺傳、感染、內分泌等下列因素有關：

（1）遺傳因素：唇腭裂是一種多基因遺傳病，正常發(fā)病率為0.10%～0.17%，但父親患有唇裂，后代患病率為3%左右，如果母親患有唇裂，則遺傳給子女的幾率高達14%。

（2）營養(yǎng)缺乏：婦女懷孕期間的嘔吐、厭食和偏食可影響營養(yǎng)攝入，造成維生素（如維生素A、E、B2、B6、C、D）、葉酸以及鈣、磷、鐵等礦物質缺乏。

（3）病毒感染：在孕婦妊娠早期（2個月內），如患病毒性感冒或受風疹等病毒感染，可能成為嬰兒唇裂的原因。

（4）藥物因素：目前已明確導致唇、腭裂畸形的藥物有腎上腺皮質激素、抗癲癇藥、抗惡性腫瘤藥物、抗過敏藥物等。

（5）內分泌失調：在懷孕早期（8周內），如孕婦情緒緊張，或因生理性、精神性等原因，使體內的腎上腺皮質激素分泌增加，從而導致胚胎發(fā)生畸形。

（6）放射線：妊娠早期如果接觸放射線，則有可能使胚胎細胞發(fā)生突變導致胎兒唇腭裂。

（7）吸煙、酗酒：孕婦吸煙、酗酒也可導致嬰兒唇腭裂。

（8）父母年齡因素：唇腭裂的發(fā)生率與父母的生育年齡具有一定的相關性，生育年齡在35歲以上者唇腭裂發(fā)生風險性就越高。