陰莖結(jié)核主要通過陰莖與結(jié)核分枝桿菌直接接觸感染，少數(shù)為血行感染，嚴重的尿道結(jié)核也可波及陰莖。

主要通過陰莖與結(jié)核桿菌直接接觸發(fā)生感染。統(tǒng)計的65%的原發(fā)陰莖結(jié)核皆因宗教割禮包皮環(huán)切時，用口吸吮陰莖止血所引起，這種方法已棄用。陰莖頭與有病變的子宮頸接觸，亦可引起陰莖結(jié)核。

血行感染則可直接侵犯陰莖海綿體，引起結(jié)核性海綿體炎。另一種傳染方式為嚴重的尿道結(jié)核發(fā)展成尿道周圍炎，最后侵及陰莖海綿體及陰莖頭。

直接接觸感染病變多發(fā)生在陰莖頭、陰莖系帶或外尿道口，最初為結(jié)核結(jié)節(jié)，以后成為潰瘍，潰瘍境界清楚，周邊硬，基底部有干酪樣壞死或肉芽組織。

潰瘍逐漸擴大可侵及陰莖頭全部，腹股溝淋巴結(jié)亦常有繼發(fā)結(jié)核性感染。海綿體結(jié)核多表現(xiàn)為結(jié)節(jié)性增生，纖維組織可使陰莖變形彎曲，有時可形成瘺管。