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耶氏肺孢子菌肺炎的臨床表現(xiàn)在非HIV患者中，PCJ感染呈一種暴發(fā)性的發(fā)病過程，表現(xiàn)為突然出現(xiàn)的發(fā)熱、咳嗽及呼吸困難。臨床癥狀通常發(fā)生在患者使用的腎上腺皮質(zhì)激素正在減量的過程中，這可能與對(duì)已存在的該微生物所引起的炎癥反應(yīng)的抑制作用減弱有關(guān)。在HIV陽性患者，臨床癥狀的出現(xiàn)通常比較緩慢，經(jīng)歷數(shù)周到數(shù)月逐漸呈現(xiàn)各種癥狀。患者可有咳嗽、發(fā)熱及呼吸困難，但由于HIV陽性和HIV陰性患者的病程非常不同，以至于從臨床上來看，兩者像是發(fā)生了兩種完全不同的疾病。耶氏肺孢子菌肺炎的病程/預(yù)后/并發(fā)癥PCJ肺炎是一種嚴(yán)重疾病，具有很高的死亡率。對(duì)于HIV陽性且因PCJ肺炎需要機(jī)械通氣的患者，具有高達(dá)60%的死亡率—如此高的死亡率足以引起臨床醫(yī)生的極大重視，而且需要給予患者一段時(shí)間的加強(qiáng)護(hù)理。從該病中存活下來的HIV陽性患者可能會(huì)遺留肺不張及其他結(jié)構(gòu)性的肺損害。因PCJ肺炎接受治療的患者，無論HIV陽性和HIV陰性，需要同時(shí)使用大量的藥物聯(lián)合治療，這樣可能導(dǎo)致在維持藥物及抗感染藥物之間發(fā)生相互作用。