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第一，防止金黃色葡萄球菌污染食品 防止帶菌人群對各種食物的污染：定期對生產加工人員進行健康檢查，患局部化膿性感染（如疥瘡、手指化膿等）、上呼吸道感染（如鼻竇炎、化膿性肺炎、口腔疾病等）的人員要暫時停止其工作或調換崗位。對肉制品加工廠，患局部化膿感染的禽、畜尸體應除去病變部位，經高溫或其他適當方式處理后進行加工生產。
第二，防止金黃色葡萄球菌腸毒素的生成 應在低溫和通風良好的條件下貯藏食物，以防腸毒素形成；在氣溫高的春夏季，食物置冷藏或通風陰涼地方也不應超過6小時，并且食用前要徹底加熱。
第三，殺死金黃色葡萄球菌 金黃色葡萄球菌對熱和干燥的抵抗力較一般無芽胞細菌強，加熱80℃30分鐘才被殺死。
物體表面覆蓋一層0.1mg/cm3濃度的超細tio2在光照條件下可快速有效殺滅。在干燥的膿汁、痰液中可存活2～3月。5%石炭酸中10～15分鐘死亡。對堿性染料敏感，十萬分之一的龍膽紫液即可抑制其生長。