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診斷耶氏肺孢子菌肺炎需綜合多方面因素，包括癥狀表現(xiàn)、影像學(xué)檢查、實(shí)驗(yàn)室檢查等。身體感到不適時(shí)，務(wù)必及時(shí)就診，聽從醫(yī)生的建議進(jìn)行診治，不要自己擅自用藥。
1.癥狀：患者常有發(fā)熱、干咳、呼吸困難等癥狀。
2.影像學(xué)表現(xiàn)：在HIV陽性和HIV陰性患者中，常見彌漫性實(shí)質(zhì)性肺疾病表現(xiàn)，如毛玻璃影或結(jié)節(jié)影，且非按肺解剖區(qū)域分布。HIV陽性患者還可能有肺葉浸潤影、氣胸、肺不張、結(jié)節(jié)影甚至胸腔積液。
3.實(shí)驗(yàn)室檢查：常用的有病原學(xué)檢查，如痰液、支氣管肺泡灌洗液等標(biāo)本的染色鏡檢、PCR檢測等。
4.免疫功能檢測：了解患者的免疫狀態(tài)，如CD4+T淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)等。
5.其他檢查：肺功能檢查可能顯示限制性通氣功能障礙。
綜合上述多種檢查結(jié)果，結(jié)合患者的臨床表現(xiàn)和病史，可對耶氏肺孢子菌肺炎做出準(zhǔn)確診斷。

對高危人群結(jié)合臨床表現(xiàn)和X線檢查可考慮診斷，病原學(xué)檢查可以確診，痰找病原體陽性率極低，可用3%高滲鹽水霧化后誘導(dǎo)咳痰。支氣管肺泡灌洗(BAL)和經(jīng)纖維支氣管鏡肺活檢陽性率可達(dá)80%~100%。BAL可以與解剖檢查同期發(fā)現(xiàn)肺孢子菌，可用于早期診斷。近年主張以胸腔鏡活檢取代剖胸活檢。