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心內膜彈性纖維增生癥的病因未明，曾提出以下幾種看法：
1。病毒感染。胎兒期或出生后病毒感染引起心肌炎癥反應所致。認為柯薩奇B組病毒、腮腺炎病毒及傳染性單核細胞增多癥病毒感染與本病有關。曾從心內膜彈力纖維增生癥死亡患兒的心肌中分離出柯薩奇B組病毒，組織學上也見到心肌炎的改變。有人于雞胚中接種腮腺炎病毒，孵出的雞發(fā)生心內膜彈力纖維增生癥。孕婦于妊娠早期患腮腺炎，出生之嬰兒可發(fā)生本病。也有人報告?zhèn)魅拘詥魏思毎龆喟Y引起的彌漫性心肌炎可發(fā)展為心內膜彈力纖維增生癥。此外，從間質性心肌炎和心內膜彈力纖維增生癥死亡病例的病理檢查中發(fā)現(xiàn)兩者的病理改變常共同存在，而且病程短者心肌炎改變明顯，心內膜彈力纖維增生不顯著；病程較長，從發(fā)病至死亡超過4個月者，心肌炎的改變輕微，心內膜彈力纖維增生顯著，故認為心肌炎與心內膜彈力纖維增生癥可能為同一疾病的不同時期表現(xiàn)，心肌炎為心內膜彈力纖維增生癥的前身。
2。其他因素。如宮內缺氧致心內膜發(fā)育障礙。遺傳因素，9%病例呈家族性發(fā)病，認為本病系常染色體遺傳。