功能性消化不良疾病診斷為排除性診斷，在臨床實際工作中，既要求不漏診器質性疾病，又不應該無選擇性地對每例患者進行全面的實驗室及特殊檢查。為此，在全面病史采集和體格檢查的基礎上，應先判斷患者有無下列提示器質性疾病的“報警癥狀和體征”。下面詳細介紹。

功能性消化不良的排除性診斷分述如下：

45歲以上的人，近期出現(xiàn)消化不良癥狀；有消瘦、貧血、嘔血、黑糞、吞咽困難、腹部腫塊、黃疸等；消化不良癥狀進行性加重。對有“報警癥狀和體征”者，必須進行徹底檢查直至找到病因。

對年齡在45歲以下的人，且無“報警癥狀和體征”者，可選擇基本的檢查如血、尿常規(guī)、糞隱血試驗、血沉、肝功能試驗、胃鏡、腹部B超（肝、膽、胰），或先子經驗性治療2～4周觀察療效，對診斷可疑或治療無效者有針對性地選擇進一步檢查。