周期性內斜視發(fā)病原因至今不明，主要有以下幾種看法。

1、大腦優(yōu)勢學說

周期性內斜視可能與大腦優(yōu)勢的變更有關。表現(xiàn)為患者不特別選用某只手。這些現(xiàn)象可能表明大腦半球一側的活動并非始終對另一側保持優(yōu)勢，此種學說未被多數(shù)學者證明。

2、融合機制失調學說

認為周期性內斜視大多數(shù)患兒都有不同程度的遠視，由于遠視經(jīng)常需要調節(jié)從而相應地增加了輻輳作用，使眼球易向內偏斜所以在出現(xiàn)顯性斜視之前可能就有較大的內隱斜。由于外融合力加以控制，使眼位不發(fā)生偏斜。后因某種原因，如精神或心理因素、外界環(huán)境及內在疾病等因素破壞了眼位的平衡，使外融合力對內隱斜的控制失調而出現(xiàn)隔日性間歇性或者恒定性內斜視。

3、生物鐘機制學說

不少學者認為周期性內斜視與機體正?！吧镧姟爆F(xiàn)象障礙有關。