亞急性甲狀腺炎有多種治療措施，包括硫脲類藥、促甲狀腺激素及抑制劑量的甲狀腺激素。采用這些藥物影響疾病過程的證據(jù)尚不能令人認同。

治療包括兩方面：減輕局部癥狀和針對甲狀腺功能異常影響。一般來說，大多數(shù)病人僅對癥處理即可。對輕型病例采用阿司匹林或其他止痛藥。如用對乙酰胺基酚或用水楊酸鹽可控制癥狀；病情嚴重病例，如疼痛、發(fā)熱明顯者可短期用其他非類固醇抗炎藥，或應(yīng)用糖皮質(zhì)類固醇激素，如潑尼松，可迅速緩解臨床表現(xiàn)，約有5%的患者需用皮質(zhì)激素來減輕癥狀，持續(xù)用藥1～2周甚或4～8周以后減少藥量，共用6～8周。如病人在用潑尼松24～48h無反應(yīng)，亞急性甲狀腺炎的診斷應(yīng)再評定。在治療中隨查血沉改變，可指導用藥如病情需要，再次開始用潑尼松仍然有效，然而皮質(zhì)激素并不會影響本病的自然過程，如果皮質(zhì)激素用后撤減藥量過多、過快，反而會使病情加重。

如果糖皮質(zhì)激素連續(xù)使用，所用劑量以使病人不出現(xiàn)癥狀，直至其放射性碘攝取率恢復(fù)正常，可能避免病情復(fù)發(fā)病人伴有甲狀腺功能亢進時一般不采用抗甲狀腺藥治療，通常采用非特異的藥物，如口服阻滯劑普萘洛爾。因本病伴甲亢是暫時的，且甲狀腺攝碘率低不是放射碘治療的指征。這些藥破壞甲狀腺激素的合成，但亞急性甲狀腺炎血中過多的甲狀腺激素是來源于被破壞了的濾泡漏出的T4和T3，而不是由于合成和分泌增多所致，無需使用硫脲類抗甲狀腺藥。本病的甲減期也常是暫時的，通常甲減癥狀不多，所以不需甲狀腺激素替代治療，此時TSH分泌增加對甲狀腺功能的恢復(fù)是重要的。除非病人甲減癥狀明顯，甲狀腺激素治療應(yīng)當禁忌。伴甲減病情輕者無需處理。但也有人主張有甲狀腺功能低減時，可用甲狀腺制劑如L-型甲狀腺素鈉，可防止由TSH升高引起的病情再度加重。病情較重者，可用甲狀腺激素替代一段時間。約有10%的患者可發(fā)生永久性甲狀腺功能低減，需要長期甲狀腺替代治療有稱中藥對本病急性期有較好的治療效果。

腎上腺糖類皮質(zhì)激素對本病有顯著效果，用藥1～2天內(nèi)發(fā)熱和甲狀腺疼痛往往迅速緩解，一周后甲狀腺常顯著縮小。開始時可給強的松，每日3、4次，每次10mg，連用1～2周，以后逐步每周遞減5mg/d，全程1～2月，停藥后，如有復(fù)發(fā)，可以強的松再治，并可加用甲狀腺片劑，尤其有甲減者，每天可用40～120mg，幾個月后，漸而停用。鎮(zhèn)痛退熱如消炎痛等藥物，對本病也有效。