由下丘腦一垂體一卵巢軸中的某一環(huán)節(jié)發(fā)生功能或器質(zhì)性病變引起。按引起閉經(jīng)的病變部位，可分為子宮性、卵巢性、垂體性和下丘腦性閉經(jīng)。

子宮頸、陰道、處女膜、陰唇等處，有一段先天性閉鎖，或后天損傷造成粘連閉鎖，雖然有月經(jīng)，但經(jīng)血不能外流，這種情況稱為隱性或假性閉經(jīng)。生殖道下段閉鎖，經(jīng)過醫(yī)生的治療，是完全可以治愈的。

子宮內(nèi)膜不能發(fā)生周期性的變化，也就不會出現(xiàn)子宮內(nèi)膜脫落，所以也就沒有月經(jīng)來潮。也有的先天性無子宮，或子宮內(nèi)膜發(fā)育不良，或子宮內(nèi)膜損傷，即使卵巢功能健全，雌激素和孕激素的分泌正常，也不會來月經(jīng)。

引起下丘腦功能失調(diào)的原因很多，如精神刺激、悲傷憂慮、恐懼不安、緊張勞累，以及環(huán)境改變、寒冷刺激等。由下丘腦引起的閉經(jīng)比較多見。