女性感染衣原體不限于尿道，可累及整個泌尿生殖器官，此類感染常因缺乏自覺癥狀或癥狀輕微而忽視了治療，造成傳染源而擴散，形成危害。

女性衣原體感染比男性感染引起的癥侯要多，其主要感染部位為宮頸，由此垂直感染給新生兒，以至發(fā)生PID等，其后遺癥多導致不孕癥。

無癥狀感染（缺乏癥狀反應）：由于本病缺乏自覺癥狀，則局部病象便成為診斷的一個重要指標，表現為陰道有膿樣分泌物，亦可為粘液或漿液性。分泌物量較多（為中等量），稍有臭味。陰道粘膜為正常顏色，但常伴有宮頸糜爛。

衣原體性宮頸炎：當伴發(fā)宮頸炎時、宮頸發(fā)紅，有漿液或膿性分泌物增加、陰道內糜爛擴大，易于出血等癥狀。鏡檢下陰道分泌物的所謂“陰道清潔度”多為III度以上。沙眼衣原體主要侵犯宮頸的柱狀上皮細胞，而磷狀上皮細胞常不被侵犯，故陰道，宮頸局部沒有改變。

宮頸炎的主要癥狀是白帶增多，不時出血及小腹部疼痛等一般癥狀，無特異性表現，多因其性伴患有尿道炎而來院就診。

衣原體性輸卵管炎，本癥多由宮頸炎并發(fā)引起。用腹腔鏡直接從輸卵管抽吸物標本中，約30%以上檢測出衣原體，病情經過多數較輕、下腹部可有輕微疼痛，一般體溫不高，但血沉稍快。由于這種非典型經過，使病人拖延就醫(yī)，往往引起子宮附件損害，形成輸卵管炎的后遺癥，其最主要表現是輸卵管性不孕癥。

盆腔炎（PID）：PID不是固定疾患的用語，凡在盆腔內感染癥，如宮內感染，輸卵管炎等附件炎癥波及盆腔腹膜特定的部位感染均可稱之為PID，由CT引起的PID主要是由宮頸炎上行感染所致。其主要表現是急腹癥型。