1、可能是乙肝病毒感染后引起自身免疫性肝炎。多見于女性患者。這是由于感染乙肝病毒后，病毒改變了肝細胞膜的一些成分，使人體的免疫系統(tǒng)對自身的肝細胞攻擊，造成了肝損傷，導(dǎo)致肝功能異常。

2、可能是乙肝病毒出現(xiàn)了變異。當(dāng)乙肝病毒變異時，即使患者盡管血清HBeAg陰性，體內(nèi)仍存在長期的低水平乙肝病毒DNA的復(fù)制，病情仍可不斷進展?；颊叱０橛谐掷m(xù)性或間歇性血清轉(zhuǎn)氨酶升高，導(dǎo)致肝病進行性加重。

3、可能重疊感染了其它肝炎病毒，如丙肝、丁肝等。

4、其他原因。若乙肝小三陽患者飲酒、熬夜、或服用了損害肝臟的藥物等，都會造成肝臟損害，引起肝功能異常。