急性丙肝臨床表現(xiàn)一般較輕，常為亞臨床型，呈自限性經(jīng)過。患者可以無明顯癥狀，或出現(xiàn)乏力，食欲缺乏等，而發(fā)熱、肝區(qū)疼痛、黃疸少見，大多數(shù)為無黃疸型。ALT升高，呈持續(xù)輕度異?；蚍磸?fù)波動。丙肝容易演變成慢性，約50%（30%~60%）的急性丙肝將發(fā)展為慢性丙肝。其中20%-30%將發(fā)展成為肝硬化，部分人又在此基礎(chǔ)上發(fā)生原發(fā)性肝癌。無黃疽型較黃疸型更易慢性化。丙肝很少引起重型肝炎。

丙肝易慢性化的主要因素可能與丙肝病毒（HCV）的頻繁變異，導(dǎo)致免疫逃逸有關(guān)。慢性丙肝與慢性乙肝相比，慢性丙肝的病程緩慢。從輸血到診斷肝硬化需要20～25年，而從輸血到原發(fā)性肝癌約需30年。

HCV除了在肝臟復(fù)制外，在外周血單核細胞（PBMC）、脾臟、T和B淋巴細胞中均可檢出HCV-RNA，提示HCV存在肝外復(fù)制。肝外復(fù)制是導(dǎo)致抗病毒治療不易取得成功，從而造成HCV 持續(xù)感染、病情慢性化的原因之一。特別是外周血單核細胞中的HCV不易被清除，成為HCV貯存和復(fù)制的場所。

曾有人從骨髓來源的B細胞檢測出HCV-RNA，骨髓中HCV的存在可直接損害機體的免疫功能，引起清除HCV的障礙。