陰莖結核的治療和全身結核病的治療方法相同，必須包括全身治療和抗癆藥物治療。陰莖結核用抗癆藥物治療有較好的效果。治療方法與腎結核的治療相同，采用以異煙肼、鏈霉素、利福平等為主的兩種或三種藥物聯(lián)合應用。一般經(jīng)驗認為，治療療程為6～12個月。

治愈的標準是尿液或前列腺液結核菌涂片和培養(yǎng)均為陰性，泌尿生殖系統(tǒng)結核癥狀及體征全部消失。

1、一般治療：包括休息、適當營養(yǎng)、避免勞累等。

2、藥物治療：前列腺結核藥物治療效果較好。用藥時間6個月，也可按前列腺液、精液結核桿菌培養(yǎng)結果來幫助估計用藥期限。目前治療方案可參考短程化療。治愈標準是前列腺液結核桿菌培養(yǎng)陰性，臨床癥狀與體征消失。

3、手術治療：前列腺結核一般不主張作前列腺切除術，因為現(xiàn)代抗癆藥物治療大多能控制病變，而且這類手術需將前列腺連同附睪、輸精管、精囊等一并切除，手術范圍大，有一定危險，甚至術后會引起結核性會陰尿道瘺，傷口不愈合。只有當前列腺結核嚴重、廣泛空洞形成、干酪樣變性或造成尿路梗阻，用一般藥物治療不能緩解時，或者前列腺結核寒性膿腫已引起尿道、會陰部賽道時，可考慮作前列腺切除術。

前列腺結核伴有附睪結核的病例，如果藥物治療無效，可考慮作附睪切除術，對前列腺結核的治療也有好處，附睪切除后，前列腺結核多可逐漸愈合。