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最常見的感染途徑是上行性感染，細(xì)菌經(jīng)尿道口上行到膀胱，乃至腎盂引起感染，血行感染為細(xì)菌從體內(nèi)的感染灶侵入血流，到達(dá)腎臟引起感染，此種途徑少見。直接感染機(jī)會(huì)罕見，淋巴道感染尚不支持。急性腎盂腎炎的病因主要由于大腸埃希菌感染而引起的，其次為變形桿菌。革蘭氏陽性球菌，尤其是凝固酶陽性葡萄球菌、金黃色葡萄球菌和腸球菌偶爾亦引起急性腎盂腎炎。葡萄球菌可通過血液途徑侵入腎臟引起菌尿癥和腎膿腫。偶為真菌、原蟲、衣原體或病毒感染。有些大腸桿菌表面有鞭毛，稱作粘附素，可與宿主尿路上皮表面的受體結(jié)合。這類細(xì)菌非常易于引起尿路的感染，且毒性很強(qiáng)。慢性腎盂腎炎致病菌與急性腎盂腎炎相似，可由急性轉(zhuǎn)為慢性。嬰幼兒腎臟發(fā)育不完全，當(dāng)發(fā)生尿路感染時(shí)易導(dǎo)致此病。有些成人患者為幼年時(shí)代的腎盂腎炎逐漸演變而來。最嚴(yán)重的腎瘢痕發(fā)生于有腎內(nèi)返流的患者。有報(bào)告—些慢性期病灶和腎疤痕組織中，存在某些病原體的抗原成分，有些還可尋到免疫復(fù)合物沉積，結(jié)合致病菌有抗體包裹以及腎組織中有淋巴細(xì)胞和單核細(xì)胞浸潤等事實(shí)，表明發(fā)病機(jī)理中存在著免疫反應(yīng)性損害。