1 掃描時信號采集較慢，需時較長。一些生理性活動，如心血管、腦脊液的搏動、呼吸動和胃腸道的蠕動等，均會影響成像的清晰。但是MRI技術(shù)的改進，如MRI電影術(shù)，表面線圈的改進，呼吸和心電門控技術(shù)的應用和快速掃描序列等，大大地克服了MRI這方面的不足。

2 危重病人，不能很好合作和配合的病人，仍不能接受此項檢查，或因監(jiān)護系統(tǒng)及生命維持系統(tǒng)不能進入磁體房，或因掃描時間太長而不能耐受之故。

3 由于磁體掃描膛較小，少數(shù)病人會有幽閉感，不能很好配合只得終止檢查。另外對過于肥胖的病人亦不易進入掃描膛，或即使進入，也可能因肢體碰觸線圈而造成圖像不良。

4 帶有心臟起搏器或體內(nèi)帶有磁鐵性醫(yī)療裝置的病人均受到限制，不能接受檢查。

5 自旋回波成像時，鈣無信號，在診斷以病理鈣化為特征的病變時，會受到影響。

6 MRI 是一種高科技成像儀器，需要一定的技術(shù)力量和器材來維持其運轉(zhuǎn)，因此費用較高。（轉(zhuǎn)載）