1、表皮愈合不良：多見于PRK，可用治療性隱形眼鏡及人工淚水幫助復原。

2、角膜瓣下雜質或表皮入侵：輕微者不影響視力，嚴重者須翻開角膜瓣將其去。

3、手術不能保證視力一定達到1.0，有些病例可能須再次手術，或配戴眼鏡才能得到最佳視力。

4、感染：因手術或術后不潔，使傷口受到病菌感染，機率很低，只要早期發(fā)現，多數可用藥物控制。

5、畏光：在手術后3至6個月內，對光線的敏感度增加，但多會在6個月后逐漸消失，極少病例會持續(xù)下去。

6、角膜瓣皺折或移位：僅見于LASIK，可能因外傷引起，會造成不規(guī)則散光影響視力，可再手術鋪平。

7、眩光或復視：手術初期較常見，尤其夜間瞳孔變大較會產生，大部分會慢慢消失，只有少部分會持續(xù)下去。

8、干眼癥：雷射術后淚水分泌會減少，可能產生干眼癥狀或使得原本干眼的人癥狀加重，須補充人工淚水治療，約3-6個月可改善。

9、手術中的合并癥：多數是角膜瓣切割不良，如切割不完全或切割不平整；只要將角膜瓣復位即可恢復，三個月后可再次手術。

10、矯正不足或過度矯正：手術后仍殘留近視，或是超過預期的矯正度數變成遠視，是最常見的副作用，視情況可于度數穩(wěn)定后再次雷射矯正。

11、角膜混濁：僅PRK術后會發(fā)生，與個人體質及矯正度數愈高有正相關，術后1-3個月最明顯，須點類固醇眼藥水控制，之后大多會慢慢褪去。

12、老花眼：年齡接近或超過40歲的人，可能已有老花眼，近視矯正后即使看遠不用戴眼鏡，但是看近處或看書時還是需要戴眼鏡。