從病理上分為急性炎癥期、潰瘍形成期、狹窄期、瘺管形成期（穿孔）。臨床上分急性期、亞急性期、慢性期。多數(shù)起病緩慢，可達數(shù)個月至數(shù)年。少數(shù)起病急驟（20%~25%急性或亞急性），類似急腹癥，病情較重，有長短不等的緩解期，其后慢性發(fā)展。

1、腹瀉 常見（80%~90%），一般較輕，糊樣便，每日2~3次，可自行緩解。每因飲食不當而誘發(fā)為重癥或晚期加重，便次增多，少量黏液便，伴腹陣痛，頑固難愈。累及結(jié)腸時為黏液便、膿血便；累及肛門直腸時有里急后重；小腸內(nèi)病變，廣泛者因功能紊亂致吸收不良，而有泡沫狀惡臭的脂肪便。

2、腹痛 也常見（80%~90%），多位于右下腹或臍周，間歇性發(fā)作，常為痙攣性陣痛伴腹鳴。常于進餐后加重，排便或肛門排氣后緩解。腹痛的發(fā)生可能與腸內(nèi)容物通過炎癥、狹窄腸段，引發(fā)局部腸痙攣有關(guān)。腹痛亦可由不完全性或完全性腸梗阻引起，此時伴有腸梗阻癥狀。出現(xiàn)持續(xù)性腹痛和明顯壓痛，提示炎癥已累及腹膜或腹腔內(nèi)膿腫形成。全腹劇痛和腹肌緊張，則可能是病變腸段急性穿孔所致。

3、腹部腫塊 約1/3患者可捫及，右下腹及臍周多見。在直腸或陰道檢查時發(fā)現(xiàn)，腸系膜粘連腸襻，腸系膜增厚，淋巴結(jié)腫大及腹內(nèi)膿腫和瘺管等。形成的炎性腫塊有壓痛、中等硬度，因粘連而固定。

4、發(fā)熱 5%-10%患者多為低熱至中等度，偶有間歇性高熱，一般發(fā)熱與活動性腸炎及組織破壞后毒素吸收有關(guān)，高熱則見于急重病例（毒血癥）或化膿性并發(fā)癥。伴有惡心、嘔吐、納差、乏力、消瘦、貧血和低蛋白癥等營養(yǎng)障礙，以及由此產(chǎn)生的營養(yǎng)不良性水腫、多種維生素缺乏、骨質(zhì)疏松與電解質(zhì)紊亂，嚴重時出現(xiàn)惡病質(zhì)。

5、便血 很少見，但偶有大出血、連續(xù)大量便血，與維生素K吸收不良及繼發(fā)性肝損害影響凝血因子的生成有關(guān)。

6、惡心、嘔吐 常在晚期并發(fā)腸道阻塞時發(fā)生，可反復(fù)發(fā)作。

7、肛門直腸周圍病變和瘺管形成 肛門周圍、直腸周圍膿腫、竇道和瘺管是克隆病較常見的癥狀。瘺管形成是本病特征性體征，為病變腸段的潰瘍向周圍組織與臟器穿透而形成的。內(nèi)瘺可通向膀胱、陰道等臟器。外瘺可經(jīng)腹壁或肛門周圍通向體外。

8、全身表現(xiàn)

（1）營養(yǎng)及代謝障礙

表現(xiàn)為體重減輕，生長遲緩，尤其是兒童發(fā)病者；電解質(zhì)缺乏如鉀、鈣和鎂；低蛋白血癥，主要因為營養(yǎng)差及蛋白從胃腸道丟失所致的失蛋白性胃腸病引起；慢性消耗、缺鐵、葉酸及維生素B12缺乏引起的貧血。

（2）肌肉骨骼病變

有周圍性關(guān)節(jié)炎、強直性脊柱炎、骶髖關(guān)節(jié)炎和內(nèi)芽腫性肌炎（罕見）等。

（3）肝膽疾病

常可合并脂肪肝、膽結(jié)石、膽管周圍炎、原發(fā)性膽汁性肝硬化、硬化性膽管炎、膽管癌、慢性活動性肝炎和肝硬化等。

（4）皮膚和黏膜

偶可見結(jié)節(jié)性紅斑、壞死性膿瘡、鵝口瘡、口頰黏膜、牙齦、外陰的克羅恩病等。

（5）眼

可有虹膜炎、葡萄膜炎、鞏膜炎等。

（6）靜脈

血栓形成及血栓栓塞性病變。

（7）發(fā)熱

一般為低熱或中等度發(fā)熱，發(fā)熱往往表示病變處于活動期。發(fā)熱多由于炎性介質(zhì)和白三烯等的作用所致。

臨床可分5型：

1、急性闌尾炎型 右下腹痛，可捫及包塊，發(fā)冷、發(fā)熱，類似急性闌尾炎；但起病慢、病程長、白細胞不高，合并腹瀉則不同于闌尾炎。

2、腸梗阻型 陣發(fā)性腹部絞痛，嘔吐，腸鳴音亢進，右下腹可捫及包塊或出現(xiàn)腸型，但病程長、病情輕。

3、腹膜炎型 由于腸穿孔而并發(fā)彌漫性腹膜炎癥狀和體征。但起病慢、病情較差，可有腹痛、腹瀉及低熱病史。

4、出血型 以便血為豐，直腸受累時有40%出血，大量出血少見。

5、腸炎型 慢性腹瀉類似潰瘍性結(jié)腸炎。

并發(fā)癥：

40%以上病例有輕重不同的腸梗阻，可反復(fù)發(fā)生，多在小腸。10%~40%有腸穿孔。26%~48%并發(fā)瘺管、肛裂、肛周炎。結(jié)腸病變多有便血。Crohn統(tǒng)計545例多為下消化道出血，占4.5%。據(jù)Farmer統(tǒng)計結(jié)腸出血占46%。還并發(fā)腹腔膿腫和肝膿腫、中毒性巨結(jié)腸、結(jié)石癥、吸收不良綜合征及癌變，如惡性淋巴瘤，但極少見。還有口瘡性潰瘍，為鵝口瘡潰瘍。關(guān)節(jié)炎、強直性脊椎炎、杵狀指、結(jié)節(jié)性紅斑、壞疽性膿皮病、球結(jié)膜炎、眼虹膜炎、角膜炎、心包炎、血管炎、腎結(jié)石、扁桃體肉芽腫等，但均少見。