治療原則為建立不利于厭氧菌生長繁殖的環(huán)境（包括外科治療）和抗菌藥物治療。對少數(shù)產(chǎn)外毒素的厭氧菌感染如破傷風、肉毒桿菌食物中毒，宜同時應用抗毒素。對嚴重感染患者應加強支持療法、酌情輸血漿或全血，積極治療原發(fā)疾病。首先要破壞厭氧環(huán)境，再進行抗菌治療。

深部傷口感染傾向于由厭氧菌引起，這種感染最初的處理為膿腫引流和外科清除壞死組織（清創(chuàng)術(shù)）。因厭氧菌很難在實驗室生長，醫(yī)生常在知道實驗室培養(yǎng)結(jié)果之前開始用抗生素。深部傷口感染常含有一種以上的細菌，所以同時可給予各種各樣的靜注抗生素。青霉素厭氧菌感染的治療用在口腔和咽部混合細菌引起的感染。因為腸源性感染常包括脆弱類桿菌，其對青霉素有耐藥性而應用其他的抗生素。

常用的治療方法有：擴創(chuàng)和引流、抗生素療法、高壓氧療法、過氧化氫治療。常用的治療藥物有：甲硝唑、克林霉素和林可霉素、氯霉素等。