子宮內膜異位癥屬于良性病變，但它無法根治。從生理學的角度來說，應該是什么時候月經停止，什么時候異位的子宮內膜才不再生長。只要卵巢有功能，巧克力囊腫就隨時可能復發(fā)。生長在卵巢內的巧克力囊腫容易發(fā)生癌變，因為它們會對卵巢造成長期的慢性刺激，可能會誘發(fā)子宮內膜樣癌。

癥狀較輕的巧克力囊腫可以通過口服避孕藥抑制子宮內膜生長，以減輕癥狀。但這種方式對于直徑大干5cm的巧克力囊腫效果不好，比較大的巧克力囊腫必須通過手術治療。

要想徹底根治，唯一的辦法就是將子宮和卵巢切除，但這將使很多女性從此失去做母親的權利，對未生育的年輕女性來講，只能單純做囊腫剝除術。

目前腹腔鏡手術已經廣泛用于治療巧克力囊腫，這種方法可以輕輕松松剝離囊腫，不傷卵巢，不影響日后生育功能。但是這有一個前提：只有不超過5cm的巧克力囊腫才適合使用這種方式治療。需要注意的是，腹腔鏡術后兩個月要到醫(yī)院復查一次。而且手術后的女性應盡早懷孕，因為只要卵巢還在，隨時有可能復發(fā)。