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遺傳因素在錯(cuò)頜畸形的病因中占比生較高，有資料報(bào)告稱我國錯(cuò)頜畸形的遺傳因素約占錯(cuò)頜畸形病因的29.4%。常見的遺傳因素的錯(cuò)頜畸形有顏面不對稱，牙間隙，牙列擁擠，牙的數(shù)目、形態(tài)、萌出時(shí)間異常，下頜前突，上頜前突，下頜后縮和深覆合等。遺傳性錯(cuò)頜畸形矯治比較困難，應(yīng)爭取及早明確診斷并制定治療計(jì)劃，選用適宜的矯治器，治療結(jié)束以后堅(jiān)持進(jìn)行長期隨訪，矯治后也需作較長時(shí)間的效果保持。還有環(huán)境因素(
1)疾病因素，妊娠期母體的營養(yǎng)不良或患病會(huì)造成胎兒牙頜面發(fā)育不良或發(fā)育異常。兒童時(shí)期的一些急、慢性疾病能影響牙、頜、面及全身的生長發(fā)育。如：維生素D缺乏引起鈣磷代謝障礙，而致頜骨、牙弓發(fā)育畸形，臨床上常呈下頜前突、下頜角大、前牙開頜、牙列擁擠等錯(cuò)頜表現(xiàn)。又如甲狀腺功能低下、垂體性巨大癥等內(nèi)分泌疾病也均可引起錯(cuò)頜畸形。
(2)口腔不良習(xí)慣，如吮拇指習(xí)慣，可造成前牙開頜、牙弓狹窄；兒童有吐舌或萌牙時(shí)以舌舔牙不良習(xí)慣，均可造成前牙開頜；咬下唇不良習(xí)慣可使上前牙唇向，形成前牙深覆蓋及下頜后縮；咬上唇不良習(xí)慣可使下頜前突、前牙反頜；偏側(cè)咀嚼習(xí)慣可使咀嚼側(cè)后牙呈反頜，上下牙弓中線向咀嚼側(cè)偏歪，顏面出現(xiàn)雙側(cè)不對稱畸形。
(3)兒童替牙期常因局部障礙造成錯(cuò)頜畸形

錯(cuò)頜畸形的形成因素和機(jī)制是錯(cuò)綜復(fù)雜的，其發(fā)生過程可能由單一因素及單一機(jī)制在起作用，也可能是多種因素或多種機(jī)制共同作用的結(jié)果。從錯(cuò)頜畸形形成的時(shí)間上來劃分，錯(cuò)合畸形的病因可分為先天性因素和后天性因素兩大類，但是針對個(gè)體錯(cuò)頜畸形發(fā)生機(jī)制的角度來說，錯(cuò)頜畸形的病因可分為內(nèi)在的遺傳因素和外界的環(huán)境因素。

主要有兩類：①遺傳因素。來源于種族演化和雙親遺傳兩方面。在人類進(jìn)化中，隨著食物由生變熟和細(xì)軟，咀嚼功能漸弱，致使口頜器官漸退化。其中，頜骨退化快于牙齒，導(dǎo)致牙量大于骨量，出現(xiàn)牙齒擁擠等錯(cuò)。雙親的牙頜畸形可遺傳給子女。②獲得因素。在胎兒期，母親患病、接受放射線過量和外傷等，可導(dǎo)致胎兒先天性牙頜面畸形，如唇腭裂合并牙畸形；小兒疾病如佝僂病、慢性鼻炎和腭扁桃體炎等，人工哺乳時(shí)的奶瓶位置及喂養(yǎng)姿勢不正確，兒童食物過細(xì)軟，諸如吐舌、吮指、咬下唇、口呼吸和偏側(cè)咀嚼等不良習(xí)慣，替牙期間的乳牙早失、滯留、鄰面齲壞、多生牙和先天缺失牙等，均可引起錯(cuò)畸形