本病的心室間隔缺損位于右心室間隔的膜部。肺動脈口狹窄可能為瓣膜、右心室漏斗部或肺動脈型，而以右心室漏斗部型居多。主動脈根部右移，騎跨在有缺損的心室間隔之上，故與左、右心室均多少直接相連。在20～25%的病人，主動脈弓和降主動脈位于右側。右心室壁顯著肥厚。肺動脈口狹窄嚴重而致閉塞時，則形成假性動脈干永存。

本病合并有卵圓孔未閉或心房間隔缺損時稱為法樂五聯(lián)癥，其臨床表現(xiàn)與法樂四聯(lián)癥相仿。本病還可合并右位心、雙側上腔靜脈、動脈導管未閉、部分性肺靜脈畸形引流、房室共道永存、三尖瓣關閉不全等。

由于肺動脈口狹窄造成血流入肺的障礙，右心室排出的血液大部分經由心室間隔缺損進入騎跨的主動脈，肺部血流減少，而動靜脈血在主動脈處混合被送達身體各部，造成動脈血氧飽和度顯著降低，出現(xiàn)紫紺并繼發(fā)紅細胞增多癥。肺動脈口狹窄程度輕的病人，在心室水平可有雙向性的分流。右心室壓力增高，其收縮壓與左心室和主動脈的收縮壓相等，右心房壓亦增高，肺動脈壓則降低。

四聯(lián)癥的胚胎發(fā)育障礙是由于肺動脈圓錐遠段或右心室漏斗部發(fā)育不全，未發(fā)生反向倒位，于是主動脈瓣保持胚胎期位置，處于肺動脈瓣的右側，漏斗部間隔亦即壁束在正常發(fā)育時行走方向應為向后向下向右，而四聯(lián)癥病人則其走向改變?yōu)橄蚯跋蛏舷蜃蠖褂趫A錐前壁，這樣當圓錐部近段與心臟融合后即產生右心室流出道狹窄。同時由于漏斗部間隔位置向前向上因而未能在心室間隔的上方占居隔束左前上支和右后下支之間的空隙，于是在漏斗部間隔亦即室上嵴的后下方形成巨大的心室間隔缺損，肺動脈圓錐發(fā)育不良又引致主動脈開口移向右側，騎跨于心室間隔缺損的上方。