1、全身性疾病營養(yǎng)性疾病遺傳性疾病或藥物可以引起種種甲的改變。如甲色澤的改變（變白變暗色素沉著淡藍(lán)色黃色等），甲外形的改變（有橫溝發(fā)育不良甲板過厚或過薄過大或過小變脆或與甲床剝離等），這些改變有時誤為灰指甲，但是這些甲病有一個共同的特點，即全部指（趾）甲都發(fā)生病變，而且同步進(jìn)行，就是說上述內(nèi)因?qū)椎挠绊懯峭瑫r發(fā)生的。

而灰指甲是由外因引起，真菌對甲板的感染是陸續(xù)傳染的，有時見到的多個甲發(fā)生癬癥，但卻先后出現(xiàn)，并仍可能有一些指甲完全正常，這在內(nèi)因性甲病中是見不到的；這也是灰指甲的鑒別診斷所應(yīng)該注意的。

2、皮膚病引起的甲病變。如銀屑病皮炎濕疹扁平苔蘚等也可引起甲板增厚變形有凹點或縱嵴等，這些疾病一般同時有相應(yīng)的皮膚病癥可協(xié)助灰指甲的鑒別診斷。