生殖器皰疹是由單純皰疹病毒（HSV）感染所引起。單純皰疹病毒分為兩型即HSV-1和HSV-2。HSV-1通過呼吸道、皮膚和粘膜密切接觸傳染，主要引起口唇、咽、眼及皮膚感染，少數(shù)（約10%）亦可引起生殖器感染。

HSV-2則是生殖器皰疹的主要病原體（90%），存在于皮膚和粘膜損害的滲出液、精液、前列腺分泌液、宮頸、陰道分泌液中，主要通過性交傳染，引起原發(fā)性生殖器皰疹。原發(fā)性生殖器皰疹消退后，殘存的病毒經(jīng)周圍神經(jīng)沿神經(jīng)軸長期潛存于骶神經(jīng)節(jié)，當(dāng)機(jī)體抵抗力降低或某些激發(fā)因素如發(fā)熱、受涼、感染、月經(jīng)、胃腸功能紊亂、創(chuàng)傷等作用下，可使體內(nèi)潛伏的病毒激活而復(fù)發(fā)。人類是皰疹病毒的唯一宿主，離開人體則病毒不能生存，紫外線、乙醚及一般消毒劑均可使之滅活。

感染后平均約4～5日，外陰患部先有灼熱感，旋即發(fā)生成群丘疹，可為一簇或多簇，繼之形成水皰（圖）。數(shù)日后演變?yōu)槟摪?，破潰后形成糜爛或淺潰瘍，自覺疼痛，最后結(jié)痂自愈，病程約2～3周。皮損多發(fā)于男性的包皮、龜頭、冠狀溝和陰莖等處，偶見于尿道口；女性則多見于大小陰唇、陰蒂、陰阜、子宮頸等處，亦見于尿道口。

另外，男性同性戀可出現(xiàn)肛門直腸HSV-2感染，其發(fā)病率僅次于淋球菌所致的肛門直腸炎，臨床表現(xiàn)為肛門直腸疼痛、便秘、分泌物增加和里急后重，肛周可有皰疹性潰瘍，乙狀結(jié)腸鏡檢常見直腸下段粘膜充血、出血和小潰瘍。