生殖器皰疹在臨床上容易合并播散性皰疹、皰疹性腦膜炎、前列腺炎、直腸炎、盆腔炎、脊髓神經(jīng)根疾病等一系列并發(fā)癥。在艾滋病流行的地區(qū)，該病還可增加艾滋病病毒感染的危險性。因為勞累，機(jī)體抵抗力急劇降低，誘發(fā)生殖器皰疹播散性皰疹、皰疹性腦膜炎引起死亡。

生殖器皰疹與宮頸癌發(fā)生關(guān)系密切，據(jù)研究，宮頸癌患者中hsv-2的抗體陽性率明顯高于正常人群。可促進(jìn)慢性疾病癌變。如肺癌手術(shù)后發(fā)現(xiàn)皰疹復(fù)發(fā)，反推過去為皰疹促使之形成。如果有其他疾病纏身如慢性活動性潰瘍、結(jié)腸炎直腸炎、慢性乙肝丙肝，可能在生殖器皰疹的影響下并發(fā)腫瘤，如直腸癌、肝癌。

生殖器皰疹也可能是導(dǎo)致女性習(xí)慣性流產(chǎn)以及男性不育的重要因素。此外，生殖器皰疹誘發(fā)病毒性前列腺炎，臨床經(jīng)?？吹?；還可以合并難治性皰疹性尿道炎、難治性女性陰道炎與盆腔炎。