致使生殖器皰疹的致病菌是單純皰疹病毒，即HSV，人類是皰疹病毒的僅有宿主，致使生殖器皰疹的通常以HSV-2為主。生殖器皰疹病毒存在于肌膚和粘膜危害的滲出液、前列腺排泄液、宮頸、陰道排泄液中，首要經(jīng)過性行為感染。初次感染致使原發(fā)性生殖器皰疹。

口腔或口腔周圍患有皰疹的人，可經(jīng)過口腔和生殖器觸摸，使對方感染生殖器皰疹。由于有感染性的病毒能在潮濕的環(huán)境中存活數(shù)小時，因此單純皰疹也可經(jīng)過污染物而直接傳達。由于生殖器皰疹在埋伏中也有感染性，所以會讓人在不知不覺成為皰疹的的傳達者和受害者。

原發(fā)性生殖器皰疹消退后，殘存的病毒經(jīng)周圍神經(jīng)沿神經(jīng)軸長時間潛存于骶神經(jīng)節(jié)，當(dāng)機體抵抗力降低或某些激起要素如發(fā)熱、受涼、感染、例假、胃腸功能失調(diào)、創(chuàng)傷等效果下，可使體內(nèi)埋伏的病毒激活而復(fù)發(fā)。

此外，患生殖器皰疹的媽媽，在臨產(chǎn)過程中，經(jīng)過產(chǎn)道可將病毒直接感染給新生兒，或懷孕過程中患病，當(dāng)機體抵抗力低時，病毒可經(jīng)過胎盤傳給胎兒。某些要素如心情激動、發(fā)熱、例假來潮、性行為等，使埋伏于神經(jīng)節(jié)內(nèi)的病毒活化后沿周圍神經(jīng)下行至表皮細胞致使部分病損。