和其他先天性心臟病一樣，房間隔缺損的病因目前并不清楚，其發(fā)生主要由遺傳和環(huán)境因素及其交互作用所致。在胎兒心臟發(fā)育階段（妊娠12周內(nèi)），若有任何不利因素影響了心臟胚胎發(fā)育，致使心臟某一部分發(fā)育停頓或異常，即可導(dǎo)致先天性心血管畸形的發(fā)生。（1）遺傳因素：約15%與遺傳有關(guān)，特別是染色體易位與畸變（三體綜合征）；（2）環(huán)境因素：宮內(nèi)感染、放射線接觸、代謝紊亂性疾病、缺氧、藥物等。

1、胎兒發(fā)育的環(huán)境因素：

感染，妊娠前三個月患病毒或細(xì)菌感染，尤其是風(fēng)疹病毒，其次是柯薩奇病毒，其出生的嬰兒先天性心臟病的發(fā)病率較高。

其它：如羊膜的病變，胎兒受壓，妊娠早期先兆流產(chǎn)，母體營養(yǎng)不良、糖尿病、苯酮尿、高血鈣，放射線和細(xì)胞毒性藥物在妊娠早期的應(yīng)用，母親年齡過大等均有使胎兒發(fā)生先天性心臟病的可能。

2、遺傳因素：

多數(shù)的先天性心臟病是由多個基因與環(huán)境因素相互作用所形成。

3、其它：

有些先天性心臟病在高原地區(qū)較多，有些先天性心臟病有顯著的男女性別間發(fā)病差異，說明出生地海拔高度和性別也與本病的發(fā)生有關(guān)。