重組疫苗主要分為三大類，分別是DNA重組疫苗、基因改造病原體、病毒載體制備疫苗。

1、DNA重組疫苗。DNA重組疫苗指的是采用基因重組技術把編碼病原微生物，保護性抗原基因通過重組的方式進入到細菌、酵母、細胞內(nèi)，并經(jīng)過培養(yǎng)、增殖之后提取和純化表達的保護性抗原所制成的一種疫苗，比如重組乙型肝炎疫苗、二價、四價以及九價人乳頭瘤病毒疫苗等。

2、基因改造病原體。通過消除以及修飾病原微生物上已知引起致病性基因的方式制備疫苗，通過此方法所研制的可以針對輪狀病毒第1代重組疫苗目前已經(jīng)進行臨床實驗，該疫苗對由于輪狀病毒引起的兒童腹瀉可以起到很強的保護性。

3、病毒載體制備疫苗。通過在一個非致病性微生物，比如病毒體內(nèi)插入病原微生物的某個基因，經(jīng)過被修飾的病毒需要作為攜帶者或載體來表達外來基因，可以誘導人體產(chǎn)生免疫反應，目前正被應用于HIV疫苗的研發(fā)。