單純皰疹病毒入侵后，可在入侵局部造成感染；但一般情況下，病毒沿該局部的神經(jīng)末梢上行，傳入至神經(jīng)節(jié)內(nèi)，經(jīng)2～3天短暫時間的復制后，病毒進入潛伏感染狀態(tài)，上述短暫復制期間并不產(chǎn)生完整的感染性病毒顆粒，在適當條件下，單純皰疹病毒可被激活而大量復制，再沿該神經(jīng)節(jié)的神經(jīng)分支下行播散到外周支配區(qū)域組織的細胞內(nèi)，導致皰疹發(fā)作，局部感染較重時，病毒可沿淋巴管上行擴散導致淋巴結炎；在機體免疫功能低下時，可形成病毒血癥，發(fā)生全身播散性感染。

單純皰疹病毒感染的重要特點是，病毒可長期潛伏于體內(nèi)，其間可因受激惹而反復發(fā)作，其機制系因病毒入侵后可長期潛伏在病損部位神經(jīng)支配區(qū)域的神經(jīng)節(jié)內(nèi)，如三叉神經(jīng)節(jié)，迷走神經(jīng)節(jié)，骶神經(jīng)節(jié)等，潛伏的病毒基因組游離存在于神經(jīng)細胞內(nèi)，甚至可整合于宿主細胞染色體上，當其受到某種因素激惹后即可活化，病毒沿神經(jīng)干下行擴散到所支配區(qū)域色質(zhì)固縮，產(chǎn)生特征性的細胞核內(nèi)嗜酸性包涵體（Cowdry A包涵體）；相鄰受染細胞的胞膜融合，形成多核巨細胞；細胞壞死崩解后形成單房性薄壁水皰，四周可繞以紅暈，局部呈炎癥反應，在初發(fā)性皰疹患者，圍繞水皰周圍出現(xiàn)的深層炎癥反應較重，復發(fā)性皰疹則較輕，水皰潰破后表層脫皮，數(shù)小時內(nèi)產(chǎn)生淺表性潰瘍，皮膚黏膜部位的皰疹損害多局限，但新生兒及免疫力低下者，則可能形成病毒血癥，甚至全身性感染，累及重要臟器，對于皰疹性腦炎或新生兒播散性皰疹患者，其實質(zhì)器官病灶處的充血反應乃至出血性壞死現(xiàn)象比皮膚損害處更為顯著，故病情較嚴重。