陰莖流黃水、小便疼痛可能由尿道炎、淋病、前列腺炎、龜頭炎、尿道結石等因素引起。

1. 尿道炎：主要是病原體感染尿道所致，常見病原體如沙眼衣原體、生殖支原體等。感染后尿道黏膜會出現(xiàn)炎癥反應，導致黏膜充血、水腫，產生分泌物，表現(xiàn)為陰莖流黃水，同時炎癥刺激會使小便時產生疼痛感。治療時可使用阿奇霉素、多西環(huán)素、左氧氟沙星等藥物，但需遵醫(yī)囑。

2. 淋病：由淋病奈瑟菌引起的性傳播疾病。該病菌侵襲尿道黏膜，造成黏膜損傷和化膿性炎癥，從而出現(xiàn)黃色膿性分泌物從陰莖流出，小便時由于尿液刺激受損的尿道黏膜，會引發(fā)明顯疼痛。治療常用頭孢曲松、大觀霉素、頭孢噻肟等藥物，具體用藥要遵循醫(yī)囑。

3. 前列腺炎：不良生活習慣如久坐、酗酒、長期憋尿等可能誘發(fā)前列腺炎。當前列腺發(fā)生炎癥時，腺管堵塞，分泌物排出不暢，可能導致炎性分泌物逆流進入尿道，出現(xiàn)陰莖流黃水的現(xiàn)象。同時，炎癥刺激周圍神經(jīng)，在小便時會引起疼痛。治療可選用坦索羅辛、前列舒通膠囊、左氧氟沙星等藥物，使用前需咨詢醫(yī)生。

4. 龜頭炎：不注意個人衛(wèi)生、包皮過長等因素易引發(fā)龜頭炎。炎癥刺激龜頭及尿道外口，導致局部紅腫、滲出，出現(xiàn)黃色分泌物，小便時尿液刺激炎癥部位，會產生疼痛。治療可使用紅霉素軟膏、莫匹羅星軟膏、克霉唑乳膏等藥物，具體使用應遵醫(yī)囑。

5. 尿道結石：結石在尿道內移動時，會損傷尿道黏膜，導致黏膜出血、滲出，可出現(xiàn)黃色分泌物。而且結石刺激尿道，會引起痙攣，導致小便疼痛，疼痛程度較為劇烈。治療方法需根據(jù)結石大小、位置等因素選擇，較小的結石可通過多飲水、多運動促進排出，較大的結石可能需要體外沖擊波碎石或手術取石等。

陰莖流黃水、小便疼痛是較為復雜的癥狀，可能涉及多種疾病。當出現(xiàn)這些癥狀時，應及時到正規(guī)醫(yī)院就診，進行詳細檢查，如尿常規(guī)、尿道分泌物檢查、前列腺液檢查等，以明確病因，并在醫(yī)生的指導下進行針對性治療。同時，要注意個人衛(wèi)生，保持良好的生活習慣，有助于病情的恢復。