益生元與益生菌都會(huì)影響腸道菌群的平衡，但影響的方式完全不同，關(guān)鍵區(qū)別在于益生元作用于本已存在于腸內(nèi)的菌群，而益生菌是外部添加的細(xì)菌。除了這點(diǎn)區(qū)別還應(yīng)該注意以下幾點(diǎn)：

1 、益生元作為模擬母乳中的低聚糖，以未經(jīng)消化的形式進(jìn)入胃腸道，通過(guò)降低PH值促進(jìn)雙歧桿菌等有益菌的生長(zhǎng)，間接地促進(jìn)胃腸道健康和營(yíng)養(yǎng)素的吸收。

2、 益生菌是外源細(xì)菌作用更直接。但是它有較明顯的針對(duì)性即針對(duì)不同的病因，及體質(zhì)添加不同的菌種，如雙歧桿菌對(duì)胃腸道疾病有顯著功效等。

3、 在胃部強(qiáng)酸性的環(huán)境下，外來(lái)細(xì)菌的存活性會(huì)受到考驗(yàn)因?yàn)橹挥谢钪M(jìn)入胃腸道的有益菌才能發(fā)揮功效，有的益生菌株不能經(jīng)受胃酸（強(qiáng)酸環(huán)境）和腸液（堿性環(huán)境）的腐蝕，而益生元不是生物不存在存活率的問(wèn)題。

4 、免疫系統(tǒng)對(duì)于由外部而來(lái)的益生菌有識(shí)別的過(guò)程，當(dāng)外部直接添加益生菌時(shí)不同體質(zhì)的人體，可能會(huì)產(chǎn)生不同的反應(yīng)。