益生元與益生菌都會影響腸道菌群的平衡，但影響的方式完全不同，關鍵區(qū)別在于益生元作用于本已存在于腸內(nèi)的菌群，而益生菌是外部添加的細菌。除了這點區(qū)別還應該注意以下幾點：

1 、益生元作為模擬母乳中的低聚糖，以未經(jīng)消化的形式進入胃腸道，通過降低PH值促進雙歧桿菌等有益菌的生長，間接地促進胃腸道健康和營養(yǎng)素的吸收。

2、 益生菌是外源細菌作用更直接。但是它有較明顯的針對性即針對不同的病因，及體質(zhì)添加不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。

3、 在胃部強酸性的環(huán)境下，外來細菌的存活性會受到考驗因為只有活著進入胃腸道的有益菌才能發(fā)揮功效，有的益生菌株不能經(jīng)受胃酸（強酸環(huán)境）和腸液（堿性環(huán)境）的腐蝕，而益生元不是生物不存在存活率的問題。

4 、免疫系統(tǒng)對于由外部而來的益生菌有識別的過程，當外部直接添加益生菌時不同體質(zhì)的人體，可能會產(chǎn)生不同的反應。