益生元與益生菌都會影響腸道菌群的平衡，但影響的方式完全不同關(guān)鍵區(qū)別在于，益生元作用于本已存在于腸內(nèi)的菌群，而益生菌是外部添加的細菌。除了這點區(qū)別還應(yīng)該注意以下幾點

1、 益生元作為模擬母乳中的低聚糖，以未經(jīng)消化的形式進入胃腸道，通過降低PH值促進雙歧桿菌等有益菌的生長，間接地促進胃腸道健康和營養(yǎng)素的吸收。

2、 益生菌是外源細菌作用更直接。但是它有較明顯的針對性即針對不同的病因及體質(zhì)添加不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。

3、 在胃部強酸性的環(huán)境下，外來細菌的存活性會受到考驗，因為只有活著進入胃腸道的有益菌才能發(fā)揮功效，有的益生菌株不能經(jīng)受胃酸（強酸環(huán)境）和腸液（堿性環(huán)境）的腐蝕，而益生元不是生物不存在存活率的問題。

4 、免疫系統(tǒng)對于由外部而來的益生菌有識別的過程，當外部直接添加益生菌時不同體質(zhì)的人體可能會產(chǎn)生不同的反應(yīng)。