MRI診斷廣泛應用于臨床，時間雖短，但已顯出它的優(yōu)越性。

在神經(jīng)系統(tǒng)應用較為成熟。三維成像和流空效應使病變定位診斷更為準確，并可觀察病變與血管的關系。對腦干、幕下區(qū)、枕大孔區(qū)、脊髓與椎間盤的顯示明顯優(yōu)于CT。對腦脫髓鞘疾病、多發(fā)性硬化、腦梗塞、腦與脊髓腫瘤、血腫、脊髓先天異常與脊髓空洞癥的診斷有較高價值。

縱隔在MRI上，脂肪與血管形成良好對比，易于觀察縱隔腫瘤及其與血管間的解剖關系。對肺門淋巴結(jié)與中心型肺癌的診斷，幫助也較大。

心臟大血管在MRI上因可顯示其內(nèi)腔，所以，心臟大m管的形態(tài)學與動力學的研究可在無創(chuàng)傷的檢查中完成。對腹部與盆部器官。如肝、腎、膀胱，前列腺和子宮，頸部和乳腺，MRI檢查也有相當價值。在惡性腫瘤的早期顯示，對血管的侵犯以及腫瘤的分期方面優(yōu)于CT。骨髓在MRI上表現(xiàn)為高信號區(qū)，侵及骨髓的病變，如腫瘤、感染及代謝疾病，MPI上可清楚顯示。在顯示關節(jié)內(nèi)病變及軟組織方面也有其優(yōu)勢。MPI在顯示骨骼和胃腸方面受到限制。MRI還有望于對血流量、生物化學和代謝功能方面進行研究，對惡性腫瘤的早期診斷也帶來希望。在完成MR成像的磁場強度范圍內(nèi)，對人體健康不致帶來不良影響，所以是一種非損傷性檢查。

但是，MRI設備昂貴，檢查費用高，檢查所需時間長，對某些器官和疾病的檢查還有限度，因之，需要嚴格掌握適應證。