孩子凌晨12點到3點咳嗽厲害可能是寒冷刺激、睡眠姿勢不當、過敏性咳嗽、反流性食管炎、支氣管炎等原因引起的，應該及時到醫(yī)院兒科做進一步檢查，比如實驗室檢查、影像學檢查等，然后根據診斷結果通過物理療法、藥物療法進行治療。

1、寒冷刺激：如果孩子在晚上睡覺時沒有注意蓋好被子，并且室內溫度較低，吸入冷空氣對咽喉黏膜產生刺激，可能會導致咳嗽厲害，可以通過加強保暖的方式進行改善，比如加蓋被子、調整室內溫度等。

2、睡眠姿勢不當：如果孩子在晚上睡覺時睡眠姿勢不當，導致鼻腔受到壓迫，影響正常呼吸，可能會引起刺激性咳嗽，可以通過調整睡眠姿勢進行改善，盡量不要趴著睡覺。

3、過敏性咳嗽：如果平時沒有做好室內的清潔衛(wèi)生，導致孩子吸入灰塵、塵螨等，引發(fā)過敏性咳嗽，可能會出現陣發(fā)性、刺激性干咳的癥狀，需要及時遠離不良的環(huán)境，并且在醫(yī)生的指導下使用氯雷他定顆粒、鹽酸西替利嗪糖漿等藥物進行治療，能夠起到抗過敏的作用。

4、反流性食管炎：如果孩子在晚上睡覺之前暴飲暴食導致胃排空延遲，造成胃內食物反流進入食管，對食管黏膜產生刺激，可能會導致咳嗽厲害，并且會出現上腹疼痛、上腹燒灼感、惡心、嘔吐等現象，可以按照醫(yī)生指導使用奧美拉唑腸溶片、多潘立酮片等藥物進行治療，能夠減少胃酸反流，改善癥狀。

5、支氣管炎：主要是微生物感染、物理、化學性刺激所致，有可能會導致支氣管痙攣，出現咳嗽、咳痰、喘息等癥狀，可以配合醫(yī)生使用羅紅霉素顆粒、阿莫西林顆粒等藥物進行治療，能夠起到消炎的作用。

平時要注意加強保暖，在天氣寒冷時要注意添加衣物，而且要適當進行運動鍛煉，比如散步、慢跑等，有助于增強體質。