1、吃小番茄前一定洗干凈，因為小番茄屬于溫室培育的果蔬，所以農藥含量一定會很多。因此建議最好用水多沖洗幾遍，同時盡量不要吃來歷不明的小番茄。

2、胃寒者不要直接吃生的小番茄，因為小番茄性寒。

3、還沒成熟的小番茄最好不要吃，因為其毒性物質番茄堿含量相對較高，生吃之后可能會引起惡心，頭暈等不適感。如果是煮著吃的話要注意烹調的時間不要過長。

4、吃小番茄還要注意某些搭配禁忌。

小番茄不能和黃瓜一起吃。

服用抗凝血藥物時不宜吃小番茄，比如說肝素、雙香豆素等等。因為小番茄的維生素K含量相對較多，如果同時食用易引起凝血時間過長，從而引起皮下肌肉出血。